Dispositivo explora ‘in situ’ microorganismos en zonas remotas

Un equipo del CSIC creó un dispositivo que combina nuevas tecnologías para obtener y hacer análisis de datos de secuenciación metagenómica in situ. Se trata de un laboratorio de campo que permite a los investigadores sacar información de las muestras muy rápidamente y mejorar así el diseño de los muestreos.

Este dispositivo y novedoso enfoque experimental, cuyo éxito se demostró durante la última campaña antártica española mediante el estudio de comunidades de microorganismos de ecosistemas terrestres en las islas Livingston y Decepción, ha sido desarrollado por el Centro Nacional de Biotecnología (CNB) y el Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN), ambos del CSIC, en el marco del proyecto Rock-Eaters (Agencia Estatal de Investigación, Ministerio de Ciencia e Innovación).

El investigador del CNB Javier Tamames, que ha implementado el sistema, explica que “la combinación de tecnologías nos permite extraer el ADN microbiano, purificarlo y además secuenciarlo con un pequeño secuenciador comercial, directamente en el lugar de muestreo”.

Automatización del proceso

El equipo ha desplegado un laboratorio portátil capaz de funcionar de forma autónoma sobre el terreno. “Para ello ha sido clave disponer de una herramienta de análisis bioinformático fiable desarrollada por nosotros, el software SqueezeMeta, con el que hemos conseguido agilizar y automatizar todo el proceso de identificación de microrganismos a partir de sus secuencias de ADN”.

“Nunca antes se había podido generar información tan completa sobre la composición y función de una comunidad microbiana en un plazo tan corto. Esto abre la puerta a numerosas aplicaciones donde la rapidez en el análisis sea fundamental”, añade Tamames.

En la Antártida existen regiones inexploradas donde habitan microorganismos, muchos de ellos aún desconocidos, como los que colonizan las rocas que quedan expuestas tras el retroceso del hielo en los glaciares o las lavas volcánicas.